清兵入关后，由于各种政治势力的对比发生了急剧的变化，清政府又实行了高官厚禄收买的政策，亡明官僚纷纷归降清朝。吴三桂也放弃了拥立明太子的主张。尽管如此，作为降清的汉族地主阶级的代表，吴三桂和清政府之间仍有着相当大的距离。首先，吴三桂之乞师击李，打的是“复君父之仇”的旗号。在清兵入关之初，这一旗号因有利于清政府联合汉族地主阶级共同镇压李自成起义军，也一度为清朝统治者所容许。但从长远看来，这一旗号又和清政府取代明朝、建立其对全国的统治的总目标相矛盾。其次，吴三桂在降清之初，仍与明朝残余势力保持着一定的联系。对南京福王政权，他甚至表示：“不忍一矢相加遗”。再次，和其他降官不同的是，吴三桂还拥有一支由自己独立统率的部队。因此，在入关之初，清朝政府对其外示优宠，内存疑忌，并未授之以事权。除在政治上对其严加防范之外，在军事上，也只是利用他对李自成起义军的仇恨，使其率兵击李。根据清政府的指令，顺治元年（1644）六月，吴三桂师出山东，平定李自成余部，九月，又从英王阿济格西征李自成。在李自成主力基本被消灭之后，顺治二年八月，清政府将其从前线调回，“出镇锦州”。对于清政府的这种安排，吴三桂了然于心。从此以后，他再也不提什么“复君父之仇”，而是望风转舵，称崇祯帝为“故主”，反复表白自己“矢忠新朝”了。三年之后，清朝政府又调吴三桂入关，与八旗将领李国翰同镇汉中，剿杀西北地区的抗清义军余部。在此期间，吴三桂为了表示自己对“新朝”的忠诚，不但对农民军残部进行残酷的镇压，动辄屠城，而且，对一些起兵抗清的朱明后裔，他也不遗余力地去斩尽杀绝。吴三桂思想和行动的转变使得清朝中央政府对他更加倚重，在西北地区抗清义军残部被剿杀殆尽之后，顺治八年，清朝政府又命三桂和李国翰一起率军入川，攻打张献忠义军余部。几年之中，先后平定重庆、成都等两川重镇。顺治十四年，又以平西大将军职，南征云贵，攻打南明最后一个政权——桂王永历政权。顺治十六年，下云南。十八年，师出缅甸，擒斩桂王。十几年间，吴三桂率部从西北打到西南边陲，为清朝确立对全国的统治建立了特殊的功勋。因此，清朝对他也由原先的控制使用改为放手使用。不但在李国翰死后，让他独承方面之任，而且在一切军事活动中也“假以便宜，不复中制，用人，吏、兵二部不得掣肘，用财，户部不得稽迟”。同时，在职务上，也一再升迁。顺治十六年攻下云南后，即委其开藩设府，镇守云南，总管军民事务，康熙元年（1662）十一月，又以擒斩桂王功，晋爵亲王，兼辖贵州。其子吴应熊也选尚公主，号称“和硕额驸”，加少保兼太子太保。就这样，吴三桂以千百万抗清义军的头颅博得了清政府的信任，并使自己攀上了一生中权势的顶峰。
折叠清朝叛逆
然而，就在吴三桂开藩设府，坐镇云南，权力和声势都达到顶点的时候，他与清朝中央政府的矛盾却开始激化起来。就清朝政府而言，使用吴三桂攻打南明政权，是为了建立其对全国的统治。为此目的，历时十数年，始将各地南明政权逐一消灭。在全国平定之后，清政府亟需在政治上实现对新占领地区的统治，在军事上裁减军队以减轻财政上的压力。因此，早在占领云贵之初，便向这些地区派出了行政官吏，而后不久，又计划撤回和裁减满洲及绿营军队。清朝的这些措施，无疑是和当时整个社会都需要休养生息的要求相符合的。但是，由于十几年来吴三桂政治、军事势力的迅速增长，清朝的这些措施却触犯到吴三桂本人的利益。就吴三桂方面说来，在南明政权尚未消灭之前，他与清政府命运相连，必须拼死作战。但在云贵底定之后，他便作起了“世镇云南”的美梦，并处心积虑地要把云南变为自己的割据领地。在政治上，为了巩固自己的地位，对于辖下的各级官吏，他“选用自擅”，“各省员缺，时亦承制除授，谓之西选”。与此同时，他还以重金收买在京朝官及各省将吏，为自己效劳。在经济上，吴三桂除利用政治特权籍没“故明沐天波庄田七百顷为藩庄”之外，还大肆兼并土地，“勋庄棋布”，对人民进行残酷的剥削和压迫。与此同时，他还“垄盐井、金铜矿山之利”，官卖各种土特产品，放高利贷，并凭借其庞大的财富，豢养宾客，收买士人。在军事上，他招纳李自成、张献忠余部，编为忠勇五营、义勇五营，加紧训练。此外，吴三桂还纵容部下将吏为非作歹，鱼肉百姓，“杀人越货，毫无畏忌，讼牒、命盗两案，甲兵居其大半”。事实证明，吴三桂已经成为分裂 -->>