连横《台湾通史·卷13·军备志》载：
“总兵俞咨皋逐之，乃复澎湖，筑城暗澳，高丈有七，厚丈有八，东西南各辟一门，北设炮台，内盖衙宇，建营房，凿井驻兵，以控制妈宫。妈宫之左为风柜山，高七八尺。荷人凿其中，垒土若雉堞，毁之。
分军以戍，与案山、西垵相犄角，东为嵵上澳、猪母落水。当南之冲，旧有舟师戍之，亦筑铳城，以防横突。西为西屿，北为北山墩，又北为太武，稍卑为赤嵌，循港而进为镇海港，垒城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷制盗
天启五年（1625年），有海寇“伪用宽和年号，元帅、将军等旗帜，自称红夷第一哨，连入犯。”
天启六年（1626年），浙江海面出现“海寇林七老等纠合红夷，伪称王号，扬帆海面，御货杀敌。”
天启六年（1626年）十一月，闽广沿海一带海寇招徒结党，称王称国，其中以杨六、蔡三、钟六等最为雄强。福建与广东海军南北夹攻，于是蔡三走日本，钟六赴东番，而杨六率三千多人、大小战船七十二艘，向福建总兵俞咨皋乞降，愿讨贼自效。
天启年间，郑芝龙集团在台湾建立了基地后，想直接在大陆沿海有个基地发展贸易，曾多次打击福建沿海的明军，突袭金、厦明军水师，还在同安境内竖旗招兵，几日内招到几千人。
福建官员无奈中又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯图谋与荷兰人勾结，“以夷攻贼”，消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年(1627年)，福建总兵俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行。他以书面允诺荷兰人一定可以获得皇帝的准许与中过贸易，派人勾引他们出兵攻打郑芝龙。
天启七年（1627年）十月，荷兰驻台第二任长官韦特见机不可失，便拼凑所有在台船舰士兵，开往福建铜山岛攻打郑军。郑芝龙对官夷勾结很恼火，毫不留情予以还击，出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃，不发一炮，便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战，郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号，捕获西卡佩尔号等四艘舰船。这次海战，是荷兰殖民者第一次以台湾为基地进犯大陆，但以惨败告终，“不得不退却”。
当月，郑芝龙、钟斌缓过手后，以总兵俞咨皋勾夷激之为由，迅即破海澄，入中左所（今厦门）。郑船甚众，遍于漳、泉，咨皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龙故有求抚之意，欲微达于明兵，乃舍先春不追，获卢游击不杀；又自旧镇进至中左所，督帅俞咨皋战败，纵之走。郑军将明金厦水师的船只一把火统统烧了，“全闽为之震动”。
从此，郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现人、船就要被截获，而明朝水师更是退缩到港口内。
为郑芝龙事下狱、革职
《明史·列传148·熊文灿》载：“熊文灿……崇祯元年起福建左布政使。三月，就拜右佥都御史，巡抚其地。海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起。总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故。然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕降之。”
郑芝龙屡破官兵，占领中左所（今厦门）后，已经坐大，成为一支官府无法控制的力量。当时，将全部罪过归之于俞咨皋。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等，郑芝龙求返內地，杨六绐其金不为通，郑芝龙遂流劫海上。
《國榷》载：“天启六年七月己亥，福建总兵俞咨皋议抚海寇杨禄（杨六）、杨策（杨七）等，抚按皆从之。自是，贼日甚。”
《长编》载：“崇祯元年正月己丑，时闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之。”
《漳州府志·卷27·宦绩4·明把总·蔡以藩》载：“蔡以藩，泉州人……崇祯间，授海澄营把总。视师甫三日，贼入寇……援绝，以藩力战死。……澄人相率诣郡，请立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牍曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帅俞咨皋、陈文跪於庭。'事随不果，正自有关风教，人传以为美谈。”
崇祯元年（1628年）正月，工科给事中颜继祖弹劾俞咨皋。
疏曰：“海盗郑芝龙生长 -->>