另有资料载：“先是，居益上言：‘臣入境以来，闻番船五艘复至，与风柜仔船合凡十有一艘，其势愈炽。有小校陈士瑛者，先遣往咬吧宣谕其王，至三角屿，遇红毛船，言咬吧王已往阿南国，因与士瑛偕至大泥谒其王。王言：咬吧国主已大集战舰，议往澎湖求互市；若不见许，必至构兵。盖阿南即红毛番国，而咬吧、大泥与之合谋，必不可以理论。为今日计，非用兵不可。'因列上调兵足饷方略，部议从之。”
誓师渡海出击
天启四年（1624年）正月初二日(公历2月8日)正式誓师，南居益亲自浮海至金门，下令渡海出击澎湖。
总兵俞咨皋、守备王梦熊统率战船40多艘、兵卒2000人，以迅雷不及掩耳之势直逼澎湖，经由列岛北部的吉贝屿，一举拿下澎湖要冲镇海港，边筑城边战斗。荷军突遭猛击，由妈宫屿仓皇退到西南部的风柜尾屿，企图死守。
明·《熹宗实录》载：“天启四年正月初二日，繇吉贝突入镇海港，且击且筑，垒一石城为营。屡出奋攻，各有斩获，夷退守风柜一城。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》亦载：“（天启四年）正月，遣将先城镇海港，且筑且战。番人退守风匮城。”
风柜尾屿三面环海，陆上则与莳上屿一线可通，荷军于此屿掘沟列舰，严加防守。俞咨皋夺取妈宫屿后，继续攻击风柜尾屿。然风柜尾荷军炮台坚固如铁，久攻不下。
第二次增兵
俞咨皋向南居益建议，应另以明军兵船攻击荷船，取得海上优势，大军方可登陆。南居益见大明海上军力不若荷兰人，将打败荷兰人的重责大任寄托在郑芝龙身上，于是招安郑芝龙等，授以官职，命其牽制荷舰。
南居益请调精兵增援，并亲临海上督师。先行攻击敌舰，以战船、火船、舢板等将荷军巨舰团团包围，荷舰被击沉、击伤，逃上风柜尾，龟缩于炮台中，负隅顽抗。明船一接近白沙湾，荷兰军舰便施以炮击，若离开，荷舰则不予追击，俞咨皋无计可施。
《明·熹宗实录》载：“是月，南院发二次策应舟师，委加衔都司顾思忠等统领至彭湖镇海会齐，嗣是攻打无虚，而夷犹然不去。”
第三次增兵
到五月，澎湖仍未攻下来，荷兰人仍在坚守。明军不得不派出第二次增援部队100多艘战船，增兵至10000人，对荷兰侵略军形成包围之势，准备一举攻下澎湖。
《明·熹宗实录》载：“南军门虑师老财匮，于四月内又行巡海二道，亲历海上，会同漳、泉二道，督发第三次接应舟师。委海道孙国祯，督同水标刘游击、彭湖把总洪际元、洪应斗驾船，于五月二十八日到娘妈宫前……”
僵持
当时与荷兰人私下贸易的海商海盗团伙都在跃跃欲试想要支援荷兰人，他们正在聚集在澎湖海域上。俞咨皋曾就此事向南居益报告说：“今倭夷连和，奸盗党附，我孤军渡澎，宾主倒置，利害判于斯须，胜负殊难期必。事急矣！”
六月十五日(公历7月29日)，在得到新来的火铳部队支援后，俞咨皋率军再次发起总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，用大炮轰击城堡，并断绝城内水源，然后又成僵持状态
议和
夏，荷兰提督雷尔生辞职，宋克(Martinus Sonck，或译作孙克)继任荷兰舰队司令。
公历8月3日，宋克抵达澎湖，他发现形势已十分严峻。据当时荷兰人写的《巴达维亚日记》(村上直次郎译注、中村孝志校注，东京平凡社，1974年)载，宋克报告说：“白沙岛驻有中国军约四千人与兵船一百五十艘，以后兵数逐渐增加，至是月中旬，增至一万，进出澎湖岛。荷兰人虽将台窝湾（今台湾安平）之砦破坏，调回其守备兵，然白人不过八百五十人，其中少年兵有一百十一人，病人亦属不少，到底难以对抗。”
当时明军坚持战斗的决心已使宋克对局势有更深刻的认识，而且明军拥有10：1的人力优势！《巴达维亚日记》载：宋克承认“中国人不但拥有一万人及包括战船、击沉船、火船等合计戎克船二百艘，而且中国对我方有令人难以置信之戎克船兵士等大量准备，盖战争系奉中国国王之特命所行……我们若不肯离开，他们诉诸武力，直到将我们从澎湖 -->>