阵革命》里现实世界中那个婴儿脸的“机器大帝”其实就是一体两面。它的背后，就是机器世界里拥有最高权限的管理程序。机器大帝是它在现实中控制实体机器的形象，而建筑师是它在matrix里人型化投影的形象。
根据第一集里Smith探员和第二集里建筑师的描述，matrix有过很多个历史版本。
一开始，建筑师对人类心理的了解非常有限，那时的它更像是纯粹的“计算机”。它设计的第一代matrix里的一切都是可计算的。那一代matrix在数学上完备，人类的大脑也必须在这个完美的数学模型中运行。但显然人类并不是这样的，人脑里不可以用简单的数学公式预测的怪点子太多了。这些东西，其实就是我们人类自己再熟悉不过的“自由意志”，人得有一些自由选择的空间才活得下去。因此一切都由数学公式定好的matrix，显然不适应于人类大脑的这一特性，于是它崩溃了。
于是建筑师不死心，还以为这是因为人类不适应新环境，所以又以人类历史为背景重写了matrix，让人类生活在某个他们的祖先曾经生活过的历史年代里。可这一代matrix还是失败了。之后机器世界的最高管理程序建筑师这才意识到，它们对人类心理的了解实在太少了。于是它们编写了一个专门用于研究人类心理的高级程序——它就是“先知”。
而在这个新的机器程序先知的帮助下，建筑师的脑筋开始变得有点会转弯了。它为matrix加入了一些数学上的随机性，matrix终于有了一些自由度。matirx里的人类开始有了一些让自由意志运转的余地，人的命运在这一版的matrix里有了一些随机性。这样的matrix就更接近现实世界了。
但是这一版matrix还是有问题，问题主要来自两种bug。
第一类bug：人类中的叛逆之徒，因为即便是人类社会，人类中也总有1％的人“天生反骨”，这一小撮刺头总是天天怀疑matrix是不是真实的。于是他们就成了系统的bug。如果放着他们不管，matrix还是会崩溃。
为了对付这种bug，建筑师的方法是：允许那1％不太老实的人类觉醒，从matrix中脱离。既然他们留在matrix中会危害系统，那么索性就让他们离开。于是，机器世界放任这些觉醒叛逆分子在现实世界的地底造了一座叫锡安的城市，同时也默许他们时而接入matrix，成为matrix中的黑客，进行抵抗运动。这也是二、三两部续集中对第一部最大的颠覆：第一集中象征着人类自由的黑客，其实根本就身处建筑师的局中而不自知。
第二个bug源自程序自己，由于matrix系统的不断改进，一些旧的程序会不时被删除。但是由于AI的高级先进，matrix中的这些程序除了本来被设计出来的属性外，也越来越多地沾染上了人类的思维方式与情绪。比如说，它甚至变得跟人类一样有了“怕死”的本能。这是matrix里最有趣的设定之一。
这样一些不想死、不想被删除的程序，就在matrix里躲了起来。第二集里的法国人就是这类程序中的佼佼者，他不但自己成了matrix世界里最大的法外之徒，同时也为其他非法程序提供庇护，俨然是matrix里最大的地下国王。
于是这些多起来的非法程序，就成了bug。Bug太多的话，matrix也有崩溃的危险。对于这一类bug，建筑师的对策是：集合他能找到的与非法程序有关的代码，编写了一个叫做“救世主”的程序，也就是主角。而第二部法国人的言论以及Smith探员与主角的命运纠葛就很容易看出来，主角程序与这些非法程序无疑是同类型的存在。而且，是他们的集大成者。
然后建筑师把这样一个程序植入某个人类的精神中，于是主角就诞生了。在matrix的世界里，程序产生的意识和人的灵魂的差别其实已经很小了。这点第三部里的印度人一家其实就是程序，而它们显然就有了人类的感情。人与程序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。
不过在这种世界建立之前，matrix和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。
当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活 -->>
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