有一位来自遥远地方的公主——辉夜，为了取得神树的果实而来到了这片土地上。在吃掉了神树果实之后，辉夜得到了一种名为“查克拉”的力量，并利用其无与伦比的力量以一己之力平息了世间的战乱，自那以后，辉夜便被世人称之为“卯之女神”。
战乱结束后，辉夜诞下了一对双胞胎——羽衣和羽村，两个孩子一生下来便拥有查克拉。渐渐地，辉夜认为查克拉只能为自己所有，她利用“轮回写轮眼”对民众释放了“无限月读”，使人们对她产生恐惧和敬畏，“卯之女神”的尊称不知从何时起变成了“恶鬼”，她对查克拉的欲望最终也指向了自己的两个孩子——羽衣和羽村。为了取回全部的查克拉，辉夜与神树融为一体，化身成了魔兽“十尾”，与自己的孩子的战斗并且祸乱世界。最终，羽衣和羽村发动神术“六道·地爆天星”制造出月亮并将十尾封印在其中，同时将十尾的力量一分为九，再用阴阳遁术将之转化为了九只强大的“尾兽”。
战争结束以后，羽衣将查克拉的真理公布出去并广布忍宗教义，希望将世界导向和平，此人被誉为“救世主”从此并称为——六道仙人。但在他使命未完之前，阳寿将尽。因此他打算将忍宗的力量和意志托付给两个孩子。“哥哥”（因陀罗）继承了强大的查克拉基因，出生以来就有了强大的瞳力和战斗感知力，而“弟弟”（阿修罗）却没有继承强大的查克拉基因，为了跟其他人合作，他需要付出更多更多的努力还有获得跟哥哥一样的力量承受着一切的艰难困苦并努力修行，他体内的查克拉觉醒了然后他获得了跟哥哥一样的力量。在阿修罗的生存方式之下，仙人看到了一种新的可能性。仙人相信与同伴间的相互信任与协助，才是真正的力量之源，于是仙人选定阿修罗为忍宗的继承者，让他引领世人，仙人以为他的哥哥因陀罗会辅助弟弟完成大业然而。。。。。因陀罗并不接受仙人的安排，然后就是一切的开始，漫长且无休止的战争。。。。。虽然他们的身体都被摧毁了，但是他们的查克拉并没消失而且随着时间而轮回，无穷无尽，无休止继续战斗。
战国时期，各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能透露。忍者和平民的平均寿命只有三十岁左右，导致平均寿命大副下降的原因即是：连幼小的孩童也要上战场。当时，最为强大的两个族群——森之千手一族和团扇宇智波一族，历史的渊源赋予了两大种族无法摆脱的宿命，两大族群因此无休止地交战着。长久的战争，使两大族群疲惫不堪。作为两大家族的成员，团扇宇智波一族的宇智波斑同森之千手一族的千手柱间就这样因缘巧合的相遇了。残酷的战争，给世界，也给这两个宿命的家族带来了巨大的创伤，宇智波斑有四个兄弟战死，千手柱间的两个兄弟也因战争夭折。
查克拉大陆（忍者大陆）。火之国的一处平原上。
此时，正是两大族群的战场，双方忍者数量相等，因为忍者极难培养。这种千人级别的忍者军团战争，在这个时代整个世界也就只有森之千手一族和团扇宇智波一族有能力发起了，他们分别是阿修罗和因陀罗的后代，天生就继承了强大的血迹间限（一种血统力量），千手一族的“仙人之体”和宇智波一族的“写轮眼”。
战场之上最令人瞩目的必属两位不到十岁的幼童，年龄虽然幼小，但是他们的实力却比大多数成年忍者更加强大。宇智波斑、千手柱间，两个家族最杰出的新一代，他们曾经在不知彼此身份的时候成为了拥有共同梦想的好朋友，如果他们是一男一女，那估计就得成忍界版的罗密欧与朱丽叶，可惜天意弄人，他们现在必须为家族而战了。