至此，祖大寿的所有顾虑都被打消，投降己是水到渠成之事。
二十八日，祖大寿大开城门，举行投降仪式，为取信于后金，祖大寿命人将宁死不降的副将何可纲五花大绑，押送城外，在后金诸将面前斩杀，然后双方盟誓。
祖大寿杀何可纲，一是为了排除投降的阻力，二是为了向后金表示诚意。
何可纲之死极其惨烈，史载：可纲颜色不变，不出一言，含笑而死。城内饥人争取其肉。何可纲之死，也是祖大寿诚心投降后金的一个铁证。
当晚，祖大寿亲到后金大营拜见皇太极，皇太极郑重其事，张灯结彩，还亲自出幄迎接，祖大寿见到皇太极，行跪拜之礼，皇太极连忙制止，双方行了抱见之礼。入幄之后，皇太极让祖大寿坐在自己身旁，亲自以金杯盛酒赐之，又赐以御服黑狐帽、貂裘、白马等物。到了开宴入席时，祖大寿又被待以最高礼节，只有汗兄代善坐于其上。关于计取锦州的问题，双方商定祖大寿率军佯装逃走，并带着部分后金兵入城作为内应。
二十九日，皇太极命多尔衮等贝勒准备配合祖大寿袭取锦州。为了能和祖大寿所率350名亲随士兵一起混入城中，参加此次行动的金军（官48员，兵4000人）都奉命改穿了汉装。然而当天夜里，大凌河城内发生了严重骚乱，约二鼓时分，有人在城内放起枪炮，制造混乱。
祖大寿感到事情泄露，无法再带兵回锦州，于是祖大寿又向皇太极建议改变原有方案，由他率少数亲信徒步入城，以防止泄密。
皇太极问祖大寿，你如果要回锦州的话，你怎么解释守军才能相信你，并放你入城，入城以后你又打算用什么办法夺取锦州呢？
祖大寿说，我就说我是昨天晚上突围出来，躲进山中，今天晚上乘着夜色走回来的，他们没有不让我进城的道理。锦州军民，有很多都是我的属下，起事问题不大，只是担心巡抚丘禾嘉起疑心，如果我的部下都听命于我，我就将丘巡抚或杀或擒，很容易就解决。
祖大寿还与皇太极约定暗号，他说，如果初二日听见炮声，说明我己经成功进城，初三或初四再听到炮声，说明我己经成功起事，你就可以带兵前来接应。
十一月初一，皇太极赐宴后，祖大寿便率领26名部下出发，石廷柱将他们送到小凌河后，祖大寿一行下了马，徒步过河，趁着夜色，奔向锦州城。