争再次出现**。这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望投清后，云贵虚实尽为清军所知。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、贵州、广东与福建等地，史称三藩。1658年，吴三桂率清军攻入云南，1662年，永历帝被杀，南明彻底灭亡。
1661年，延平王郑成功收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，礼待南明宁靖王朱术桂，但未再拥立明朝宗室称帝和监国。
1683年，清朝攻克台湾，明郑结束，1684年，清朝设立台湾府。清兵入关后历经20多年的战争，基本统一了中国大陆。
1662年，康熙帝玄烨即位。康熙帝在位期间，平定了三藩之乱。康熙帝还采取了一系列有利于社会经济恢复和发展的措施。1669年，康熙下令废除圈地令，以后永远停止圈地，并规定所圈土地应退还给农民。从1671年起，陆续放宽垦荒起科年限，并规定垦荒有成绩，据开垦多少，给予不同官职，这促进了垦荒的积极性，到康熙末年，全国荒地基本上得到开辟。1685年，康熙又规定民间新垦田亩，“自后永不许圈”，从而在一定程度上限制了贵族旗主的经济扩张，有利于自耕农民。康熙还下令将明朝藩王的庄田改为“更名田”
1722年，康熙帝去世，雍正帝登基。康熙晚年，吏治松弛，贪污**，已然成风。1723年正月，雍正帝连续颁布11道谕旨，训谕各级文武官员，如因循不改，必定重罪严惩。雍正朝还加以完善密折制度。皇帝特许的官员才有资格上密折。具折奏事的官员雍正朝增加到1200多人。密折的内容，几乎无所不包。皇帝通过密折可以直接同官员对话，更加了解和掌握下面的实际情况。官员之间互相告密、互相监督，强化了皇帝**权力。
为了缓和阶级矛盾，促进农业生产，雍正实行“摊丁入地”制度。之后，人口急剧增长。雍正废除了贱籍，于1723年四月发出第一道“豁贱为良”的谕旨。雍正帝在下令开豁乐户贱籍的同时，又令各省检查，如发现本地也存在类似乐户的贱民，也准许他们出贱为良。
在对外方面，雍正初年，青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱，隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区，又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。听从鄂尔泰建议推行改土归流，废除具自治性质的土司，以地方官管理少数民族。将喀尔喀蒙古并入清朝；于1727年与沙俄签订《恰克图条约》，确立中俄中段边界。1729年，雍正帝听从张廷玉建议，以傅尔丹与岳钟琪兵分两路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零，最后于和通泊之战战败。1732年，噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古，兵至杭爱山，被喀尔喀亲王策棱击败。1734年，清准和谈，以阿尔泰山为界，西北大致和平。
在云、贵、粤、桂、川、湘、鄂等省少数民族地区，雍正全面实行“改土归流”制度，就是革除土司制度，在上述地区分别设立府、厅、州、县，委派有任期的、非世袭的“流官”进行管理。这种管理体制，同内地大体一样。雍正帝的改土归流，打击了土司的世袭特权和利益，减轻了西南少数民族的负担和灾难。也让整个朝代，减轻了压力。
1735年八月，雍正帝病死，第四子弘历继位，即乾隆帝。乾隆帝执政期间，文治武功方面都有建树，为巩固中国统一的多民族国家，发展清朝鼎盛局面作出了重要贡献，但也是在他统治期间世界发生了翻天覆地的变化。
1757年，乾隆帝粉碎了准噶尔贵族阿睦尔撒纳的割据势力，统一天山北路。1759年，又平定天山南路的大小和卓叛乱。1762年，清朝设伊犁将军，统管包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区。自从1762年起，清朝陆续派遣大批军队进驻新疆。永久驻军的官兵携带家眷，主要来自东北、河北等地的达斡尔族、满族等。
1771年，西迁伏尔加河下游的漠西蒙古土尔扈特部，在领袖渥巴锡的率领下，为摆脱沙俄的统治，踏上了回归祖国的征途。他们粉碎了沙俄军队的围追堵截，历经艰险，万里跋涉，终于回到故土。
从1772年开始，清政府开始编纂《四库全书》，经十年编成，系统地整理和保护了中国历史文化遗产。然而乾隆帝为维护统治却严厉控制思想，编书期间藉机割裂焚毁大量不符其思想的书籍。
清朝从乾隆末年开始有衰落的现象。乾隆六下江南，并仿制江南园林广修园林，劳民伤财，政治日渐**。当时人口暴增与乡村土地兼并严重，使得许多农民失去土地；加上贪官和珅等官员**，于乾隆晚期到嘉庆时期陆续爆发民变。白莲教于1770年代举兵，后来又于1796年爆发川楚教乱，八年后被清军镇压，领袖王三槐被处死。台湾天地会领袖林爽文于1787年发动林爽文事件。
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