因此在湖广北部以及湖广南部的岳州都被闯军控制以后，施州卫的土司、世袭卫所官们依旧坚持与闯军进行对抗。他们依托鄂西南复杂的山区地形，依靠着土司们长年累月积攒下来的实力，再加上当地汉、苗杂处的特殊环境，一时间颇让郭君镇感到棘手。
郭君镇为了讨平施州卫，还将已经平定了郧阳的苗里琛一部调至施州卫，派兵入山搜苗，展开了长时间的追剿作战。
他和陈荩商议，采纳恩威并施的手段，对于负隅顽抗的土司，要进行彻底的打击，迁徙其部众，再从荆州、黄州等人口稠密的地区派遣大量的永久性移民进山，贯彻改土归流的政策。
而对于另一些处于观望状态的土司，还有另外一些甚至倾向于闯军，为闯军征讨部队提供情报和物质支援的土司，则承认他们世袭的种种特权，默许既成的事实，并在之后讨平反抗土司的过程中，许诺给这些投闯土司以一定的利益和好处。
“雄丽以大兵征讨施州卫，虽然说是要保障随州的侧翼，可是用力过猛，派兵太多，消耗这样多的人力物力，其实确有一些画蛇添足的问题。
九江地处长江中游，位置紧要，是吴楚之间最重要的一处重镇。三镇不先取九江，打通长江航道，反而过分用力于鄂西，这就白白浪费了许多时间和兵力呀。”
方以仁说：“郭将军撤出施州之兵，转攻九江府，现在早已拿下了这个吴楚之间的长江锁钥。明军退守安庆，已不能有丝毫的作为。”