日本将对马、壹岐以及五岛列岛一切主权及财产永久转让给帝国政府；将长崎、大阪两城无偿借予帝国用作海军基地，为期五十年，期满后帝国有权以每年白银五万两的租金无限期延长租期。
日本须向帝国交付白银三千万两作为战争及军费赔偿，其中一千万两由帝国转交朝鲜。日本可以用境内金银矿山所有权折价支付。
日本一切法律均不得与大明律相冲突。帝国公民在日本触犯刑律应交由日本有关当局裁决处理。对针对帝国或帝国公民的犯罪行为之审讯应该在中方的监督下进行。日本有义务保证境内帝国公民的人身及财产安全。
日本不得设置任何针对帝国的贸易壁垒，抽收进出口货物的税率由中日共同议定。帝国商人有权在日本开办商会和工坊。
任何针对日本的敌对活动将被视为针对帝国，帝国亦有义务在任何时候保护日本不受任何形式的军事侵略或威胁。为了保证帝国援日军队的正常供给，日本需按年提供军费，数量按日本粮产总额的两成计算。
然而，真正被日本诸侯们关注的是规定战后势力划分的《丁亥条约·附约》，其中规定：
并九州、四国地区十三藩为福冈道，石高410万石，设福冈将军；并山阴、山阳、近畿地区二十四藩为神户道，石高580万石（其中120万石为皇室年贡），设神户将军；并北陆、东北地区十藩为仙台道，石高430万石，设仙台将军；并关东、甲信地区十藩为江户道，石高420万石，设江户将军；每任天皇的人选需由四将军商议裁定。
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“如果说丙戌战争帝国有什么目标的话，那么现在的结果无疑已经超出了我们之前最大的狂想。”青鸾号离开大阪回国的时候，独自站在舰艏看着陆地渐渐远去的李华梅自言自语地说道。“现在，我回来了！”;