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回到市政厅之后，王旭当即下令陆飞调动全部的情报力量，全力调查军队的不法情况。
调查的结果让王旭气极，陆飞汇报的当时，王旭就大发雷霆，他实在没到，大肆违反军纪的居然有如此之多，单是涉及的军官就有两个团长，五个营长，七个连长，十四个排长，底下的兵更是多不胜数。在农村这么多年，一下进驻到城市，面对的诱惑实在太多了，美女、美酒、金钱等诱惑让一大批人深陷其中。
得到调查结果的当天，王旭就抽**报队和野狼队组成临时宪兵队，将违反军纪的全部逮捕了起来。这一抓，前来找王旭求情的人数不胜数，胡二等高级军官均劝看在他们以前的战功，为清风山出生入死的份上，放过他们这一回，就连王虎都劝王旭不要大开杀戒，以免发生动乱。
王旭丝毫不为所动，紧急抽调市政府人成立临时军事法庭对违反军纪的众人进行审判，将奸淫妇女和谋杀无辜的两个营长、一个连长和四个排长枪毙了，其他收受贿赂等违反军纪的均开除军籍，按照罪行轻重判处到1年有期徒刑，抄没家产或罚款等等，一时之间清风山自卫军中风声鹤唳，军纪军风大为改善。
这之后，王旭对司法和执法部门进行了大力改，专门拨出大笔款项成立了宪兵部队和军事法庭。另一方面，改农村的裁决为仲裁，只有调解和仲裁的权力，而没有强制执行的权力。同时搜罗司法人才成立各级法院，仲裁解决不了的纠纷可向其申诉，各项法律法规都是王旭和搜罗来接受过新式教育的人参照国民政府颁发规章制度制定的。
与此同时，各地巡防队也转换为警察队伍，成为新的执法部门。
这次大改让云南省各地的社秩序大为改善，民众逐渐安居乐业，经济稳步发展。