大蛇丸叛逃，自来也离开，掀起波澜巨浪，一股看不见的影响力从火影办公室辐射至整个木叶忍者村。
首当其冲的是波风水门，刚当上火影那几天，他充满干劲准备大展宏图。可是他很快就发现，以火影助理猿飞日斩为首，长老团转寝小春和水户炎门为辅的三人组，在他颁发命令时推三阻四。还有阴在暗处的志村团藏